犬夜叉剧场版超越时空的思念全集动画故事讲述了在很久以前(大约在犬夜叉被封印之前的200年前),中国大陆妖怪(忽必烈汗)的飞妖蛾率领妖怪军团攻打日本,当时由支配西国妖怪的犬夜叉的父亲迎战,经过一伦激战,犬夜叉父亲成功击退了他们,同时用自己的牙将飞妖蛾他们封印;但是当戈薇回到过去将犬夜叉之封印解除及不小心用箭将“四魂之玉”弄碎并且碎片分散至四方,其中有一块碎片飞至飞妖蛾的妖怪被封印的地方,令飞妖蛾儿子玛瑙丸苏醒并继承父亲的妖力,于是他便找犬夜叉报仇。目的不是夺取“四魂之玉”,而是要狙击持有铁碎牙的犬夜叉(相信是玛瑙丸为报复犬夜叉父亲用他的牙封印飞妖蛾一事)。 当犬夜叉及戈薇等人像平时在寻找“四魂之...