某日,一群使用风遁之术的空忍空袭火之国,无数民众和忍者遇害,形势危急。据纲手大人所言,这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团,如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西(井上和彦配音)等人则负责侦查空之团的老巢,鸣人(竹内顺子配音)、小樱(中村千绘配音)、雏田(水樹奈々配音)受命组成三人医疗小队,协助名医神农(石塚運昇配音)前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面,病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成,他命佐助(杉山纪彰配音)前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢……本片为《火影忍者》第五部剧场版动画